Наташа Ж. Кљајић је дипломирала 2000. године на Пољопривредном факултету у Земуну Универзитета у Београду на одсеку за мелиорације земљишта. Титулу магистра биотехнике из области агрономских наука (група за наводњавање), стекла је 2007. године одбранивши магистарску тезу под називом: „Оптимални режим наводњавања алувијалног земљишта капањем под засадом малине у Ариљском малиногорју“ (ментор: проф. др Јордан Миливојевић; чланови комисије: проф. др Михаило Николић, проф. др Бошко Гајић).

8. фебруара 2012. године на Пољопривредном факултету у Новом Саду је одбранила докторску дисертацију под називом:  „Економска ефикасност инвестиција у различитим условима производње малине“ (ментор проф. др Душан Милић; чланови комисије: проф. др Зорица Средојевић и проф. др Бранислава Голошин) и тиме стекла научни степен доктора пољопривредних наука.